Le PACO dispose de 5 programmes thématiques régionaux (PTR), qui soutiennent le programme quadriennal et l'action des programmes pays:
- Conservation des Forêts ;
- Ressources en Eau et Zones Humides ;
- Écosystèmes Marins et Côtiers ;
- Aires Protégées et Biodiversité ;
- Droit, Politique et Gouvernance (en construction)
