Los miembros de la UICN pueden organizarse en  comités nacionales o regionales para facilitar la cooperación entre ellos, la coordinación entre los componentes de la UICN y la participación de los miembros en el programa y gobierno de la Unión.

Actualmente la UICN - Mesoamérica cuenta con diez comités nacionales, uno por cada país en que trabaja: Belice, Costa Rica, Cuba, El Salvador, Guatemala, Honduras, México, Nicaragua, Panamá y República Dominicana. Siete de estos cuentan con el reconocimiento oficial del Consejo de la UICN.

Los comités nacionales se conforman en su mayoría, por un representante de cada uno de los miembros de cada país, cuentan con sus propios estatutos y son coordinados por una junta directiva elegida internamente mediante el voto de los miembros que lo conforman.

Presidentes de comités nacionales:

• Belice *: Anna D. Hoare (Belize Audubon Society)

• Costa Rica: Nydia Rodríguez (AsociaciónTerra Nostra)

• Cuba *: Orlando Rey Santos (Ministerio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente - CITMA)

• El Salvador: Enrique Reyes (Fundación para la Cooperación y el Desarrollo Comunal de El Salvador - CORDES)

• Guatemala: Juan Mario Dary (Ministerio de Ambiente y Recursos Naturales - MARN)

• Honduras: Héctor Midence (Fundación Vita)

• México: Ramón Pérez-Gil (FAUNAM - PG7 Consultores)

• Nicaragua: Cristhian Castillo (Asociación Club de Jóvenes Ambientalistas - ACJA)

• Panamá: Zuleika Pinzón (Fundación Natura)

• República Dominicana *: Rosa Lamelas (Centro para la Conservación y Ecodesarrollo de la Bahía de Samaná y su Entorno - CEBSE)

* Comités nacionales aun no reconocidos por el Consejo de UICN