La búsqueda de una gestión sostenible de los recursos hídricos entre las comunidades es característica en los proyectos encabezados por el Área Temática de Humedales y Zonas Costeras.

El proyecto de Conservación del Parque Nacional Laguna Lachuá de Guatemala y el desarrollo de su área de influencia, por ejemplo, se propone conservar los recursos naturales contenidos en dicho parque nacional y promover su uso sostenible no solo para resguardar su potencial ecológico en su zona de influencia, sino también para mejorar las condiciones de vida de los pobladores locales.

De similar trascendencia, el proyecto de Fortalecimiento Institucional del Consejo de Cuencas de la costa de Chiapas, pretende realizar diferentes actividades que permitan mejorar la gestión del consejo de cuencas de la Costa de Chiapas, especialmente lo que se refiere al reconocimiento de la Comisión Nacional del Agua de México para que empodere a los diferentes Consejos Municipales de Cuenca para que ellos mismos realicen una gestión sostenible del recurso hídrico.

Por su parte, el proyecto de Manejo integrado de Cuencas asociadas al Volcán Tacaná (Guatemala-México) y el proyecto de Manejo integrado de Cuencas Asociadas a la Unidad Hidrológica El Imposible-Barra de Santiago (El Salvador), se proponen respectivamente, conservar y manejar los recursos hídricos y otros recursos naturales en la cuenca del Tacaná y la unidad hidrológica 'Cara Sucia - San Pedro', para beneficio de los pobladores y para la conservación de ecosistemas naturales y de la biodiversidad.

Otro ejemplo de las acciones llevadas a cabo por ésta área temática, encuentran forma en la Iniciativa del Agua y la Naturaleza para Mesoamérica (www.waterandnature.org), cuyos fines son: demostrar que un manejo de cuencas desde la perspectiva de ecosistemas es positivo y ayuda a promover la gobernabilidad y gestión del agua desde una perspectiva más participativa y estratégica.

Agua y cambio climático es otro proyecto del área. Este busca desarrollar un proceso de diálogo con múltiples grupos interesados y despertar conciencia acerca de los temas de variabilidad climática, cambio climático y manejo hídrico en los países de América Central.

Desde un punto de vista más global, en el cual se busca enmarcar a la región Mesoamericana dentro de una estrategia mundial, se encuentra el proyecto: "Valores Económicos del Agua en el Manejo Integrado de Cuencas", el cual plantea un manejo equitativo, eficiente y sostenible de humedales y cuencas fluviales dentro de las políticas de planificación y prácticas de conservación y desarrollo; proyectos de similar envergadura se llevan a cabo también en África y Asia.

Por otra parte, el proyecto de "Caudales Ambientales" impulsado en Costa Rica pretende hacer conciencia sobre la importancia que tiene la conservación de los caudales en su calidad y cantidad para el mantenimiento de bienes y servicios que brindan los ríos y humedales a las comunidades. El proyecto lleva a cabo talleres de difusión de información y de capacitación, así como un estudio piloto elaborado junto con otros socios relacionados al tema.