Las labores encabezadas por el Área de bosques y áreas protegidas son muy variadas y van desde el apoyo técnico en la formulación de políticas para el comanejo del recurso forestal entre las comunidades, hasta el impulso de proyectos para la conservación de monumentos naturales. Entre algunas de las acciones impulsadas durante los últimos años se podrían mencionar el Proyecto de Gestión Participativa de Áreas Protegidas, el Proyecto sobre restauración de Bosques en Corredores Biológicos y la propuesta de apoyo al Corredor Biológico Mesoamericano para desarrollar proyectos con miembros de la región.

El desarrollo de una propuesta sobre el Programa   Mesoamericano de Áreas Protegidas de UICN negociada en conjunto con el Comité Mesoamericano de Áreas Protegidas, así como el Proyecto de ampliación de monitoreo de los Sitios de Patrimonio Mundial Marinos de Centroamérica, son ejemplos de la injerencia del ATCBAP en acciones encaminadas a la conservación de los recursos naturales.

El inicio del proceso de formulación de estrategias nacionales y regionales para promover la gestión de Áreas Protegidas por Pueblos Indígenas y el Plan de negociación del Componente Regional de la Estrategia Forestal Centroamericana (EFCA) sobre Restauración de Bosques, son otros ejemplos de las acciones que encabeza ésta área temática.

Por otra parte, este equipo de trabajo también dirige la formulación de textos que aportan investigación útil para los públicos involucrados en la conservación de áreas protegidas y bosques. Un ejemplo es el documento regional sobre el Estado de los Bosques Nubosos en Centroamérica y sobre las experiencias de manejo participativo en áreas protegidas, entre muchas otras publicaciones.

Algunas otras labores realizadas los últimos cinco años fueron el desarrollo de tres proyectos de pre-factibilidad de Mecanismo Desarrollo Limpio (MDL) para tres Corredores Biológicos de Costa Rica, elaborados y presentados junto con el Corredor Biológico Mesoamericano en Costa Rica, el Sistema Nacional de Áreas de Conservación-MINAE, OCIC y el Fondo de Financiamiento Forestal (FONAFIFO) a la cooperación internacional, así como la negociación de un acuerdo de colaboración entre las instituciones participantes.

Por otra parte, el ATCBAP también participó como miembro del Grupo Técnico Asesor de la Comisión Centroamericana de Áreas Protegidas durante la realización del I Congreso Mesoamericano de Áreas Protegidas (Managua, 2003), además de haber participado en la definición de la agenda en cuanto a búsqueda de recursos y los mecanismos de participación.

Además, presentó el Diagnóstico del estado de conservación y manejo del Sistema Centroamericano de Áreas Protegidas (SICAP) elaborado y presentado en el Congreso Mesoamericano de Áreas Protegidas; al tiempo que apoyó a los Sistemas Nacionales de Áreas Protegidas (SINAP) en la preparación de los informes nacionales y la elaboración del Informe Regional (SICAP) que se presentó en Durban, Sudáfrica durante el Congreso Mundial de Áreas Protegidas de la UICN en el 2003.