La plupart des pays méditerranéens ont établi des réseaux d'aires protégées qui ont pour but de préserver les espaces vierges ou écologiquement représentatifs. Certaines sont inhabitées et d'autres dépendent, pour la conservation de leurs valeurs naturelles, de la participation active des populations locales dans ce territoire ou dans les environs.

Au-delà de leur mission de conservation de la diversité biologique, les aires protégées contribuent au bien-être des hommes, à l’atténuation de la pauvreté et au développement durable dans tout l’espace méditerranéen. Elles préservent notamment la diversité génétique et la diversité des espèces et participent au maintien des services de l'écosystème ; elles jouent également un rôle important dans la subsistance des populations autochtones et offrent un large éventail de biens et d'opportunités.

Le nombre d'aires protégées en Méditerranée a augmenté de façon significative au cours de la dernière décennie ; des conventions environnementales ainsi que des accords multilatéraux ont été approuvés afin de promouvoir le développement de plusieurs systèmes d'aires protégées (sites Ramsar, réserves de biosphère, sites naturels ou mixtes inscrits par l’Unesco au patrimoine mondial, aires spécialement protégées d'importance méditerranéenne (ASPIM), etc.). Toutefois, bien que le nombre et la superficie des aires protégées augmentent, la diversité biologique de la région poursuit son déclin. L’une des raisons pourrait résider dans le système actuel et les modes de gouvernance liés à la création et à la gestion des aires protégées en Méditerranée qui présentent les contraintes suivantes :

  • La diversité des objectifs, des critères et des méthodologies employés dans le processus de sélection des divers systèmes d'aires protégées et le manque de coordination entre ces derniers ne permettent pas le développement d'un réseau régional intégré, efficace et dynamique qui soit écologiquement représentatif.
  • Pour des raisons de planification et de gestion (en rapport avec l'analyse de faisabilité des objectifs de conservation, la dynamique des habitats, la participation des groupes d'intérêt, les connaissances traditionnelles importantes pour la gestion des ressources naturelles, les menaces et les zones d'influence), les aires protégées ne remplissent pas, à bien des égards, leurs objectifs de conservation de la biodiversité et de soutien aux moyens de subsistance des populations locales.
  • L’approche de l’écosystème en reste souvent à l’établissement de corridors de connectivité sans prendre en compte de manière adéquate la gestion intégrée du paysage de l’ensemble de la zone d’influence qui peut inclure des habitats d’espèces de grande mobilité, des réserves génétiques, des bassins hydrographiques ou des éléments culturels. Ces paysages plus vastes peuvent constituer des éléments indispensables aux stratégies de conservation de la biodiversité à l’échelle nationale et internationale. Tout en conservant le patrimoine naturel et culturel, les aires protégées peuvent contribuer à réduire la fragmentation des habitats et à atténuer la pauvreté en apportant des moyens de subsistance durables et en soutenant par là une gestion pérenne et intégrée des ressources naturelles (Programme de travail de la CDB sur les aires protégées - CDB/PoWPA).
  • Dans la plupart des cas, il n'existe pas de base de référence pour l'évaluation et la surveillance de l'intégrité écologique des aires protégées.
  • Souvent, la gouvernance des aires protégées revient exclusivement à l'organisme compétent et les formes de participation des communautés locales et des autres parties prenantes, déterminantes dans la création et la gestion de ces aires, sont inadéquates dans plusieurs pays méditerranéens.
  • Les financements accordés aux aires protégées sont souvent insuffisants et les instruments de financement durables ne sont pas encore très développés.
  • Dans de nombreux pays de la région, l’accent n’est pas suffisamment mis sur la formation des personnes chargées de la gestion des aires protégées ; il en est de même quant à la sensibilisation des décideurs au sujet de la contribution des aires protégées au développement durable.

Les divers pays sont plus ou moins enclins à appliquer les mesures incitatives pour la conservation de la biodiversité et les réglementations intégrant un usage durable. Beaucoup adoptent encore une « approche protectionniste » axée sur certaines zones du territoire en faisant très peu appel aux populations locales, aux utilisateurs des ressources et aux économies locales, bien que la législation et les attitudes soient en train d’évoluer. Souvent, la législation centrale relative aux aires protégées peut se heurter aux pouvoirs décentralisés (par exemple, des gouverneurs régionaux ou de leurs homologues), ou des conflits d’intérêt peuvent émerger entre les ministères compétents (par exemple, lors de la création de nouveaux Ministères de l’environnement). De là, le besoin d’une collaboration entre les divers ministères et les gestionnaires des aires protégées, tels que les départements des forêts ou de l'agriculture. Il est par ailleurs reconnu que les politiques d’aménagement du territoire des zones non protégées, aussi bien dans les régions côtières que semi montagneuses, contribuent à créer des valeurs paysagères spécifiques de la Méditerranée.

La plupart des aires protégées de la région sont classées Catégorie IV et V de l’UICN. Peu d’aires sont classées Catégorie I, II et III. Il s’agit d’un constat de la réalité méditerranéenne et de la présence d’activités humaines.

Considérer les aires protégées comme une opportunité au lieu d’une contrainte au regard du développement local est un axe de travail qui commence à être abordé dans la région. Plusieurs pays possèdent de plus en plus d’expérience dans ce domaine tandis que d’autres sont encore très en retard quant au respect de leurs engagements en matière de protection.

Par ailleurs, les aires protégées joueront un rôle crucial dans l’amélioration de la capacité d’adaptation des écosystèmes face au scénario du changement climatique. L’un des objectifs des stratégies d’adaptation consiste à s'assurer que le réseau actuel des aires protégées peut conserver sa diversité biologique à l’avenir tout en identifiant et en corrigeant les faiblesses existantes. Voici quelques unes des actions prévues afin d'analyser et d'améliorer les systèmes des aires protégées :

  • Harmoniser la conservation du nombre d’espèces et de complexités écologiques avec la préservation de la diversité territoriale (par exemple, l’aire de distribution altitudinale au sein des réserves est importante pour la migration en altitude ; l’hétérogénéité topographique, l'habitat et les microclimats présents dans les réserves contribuent à une augmentation du potentiel d'adaptation des réactions spécifiques au changement climatique).
  • Le zonage souple des limites des réserves, le développement de stratégies d’aménagement des zones tampons, ainsi que les stratégies d’aménagement inter situ (gestion active des espèces sauvages à l’extérieur des aires protégées) joueront un rôle de plus en plus important dans la distribution des espèces et les scénarios migratoires en période de changement climatique.
  • La fragmentation (attribuable aux schémas anthropiques d’utilisation des terres et aux obstacles actuels) pourrait constituer l’unique et principale contrainte à l'adaptation des écosystèmes en période de changement climatique. Les effets de lisière s’ajoutant à la fragmentation exposent des habitats complexes à des phénomènes climatiques extrêmes.