Les 12 principes de l'approche par écosystème peuvent être regroupés en 3 thèmes :

  • L'approche s'applique à de vastes zones spatiales. Les mesures de conservation des écosystèmes devraient prendre en compte leur structure, leurs fonctions et leur dynamique. Les gestionnaires d'écosystèmes devraient fixer des objectifs à long terme afin d'évaluer les effets de leurs activités sur les écosystèmes adjacents ou autres écosystèmes.
  • L’approche s'attaque aux raisons principales de la perte de biodiversité. Les gestionnaires d'écosystèmes devraient réduire les distorsions du marché qui ont des effets néfastes sur la diversité biologique ; harmoniser les mesures d'incitation pour favoriser la conservation et l'utilisation durable de la diversité biologique ; intégrer les coûts et les avantages à l'intérieur de l'écosystème géré.
  • L'approche encourage une plus grande participation de tous les intervenants pertinents, une gestion décentralisée, ramenée le plus près possible de la base et prend en considération les différents savoirs et choix de société.