Les résolutions adoptées par l'Assemblée générale de l'UICN à Buenos Aires (Argentine) en 1994 et au Congrès mondial de la conservation tenu à Montréal (Canada) en 1996 appelaient le Secrétariat de l'organisation à travailler en collaboration avec les membres en vue d'élaborer un programme pour la région de la Méditerranée et à créer un bureau pour le programme méditerranéen de l'UICN. Le Centre de Coopération pour la Méditerranée de l'UICN a par la suite vu le jour en octobre 2001. Le Centre, de même que son programme, ont reçu le soutien généreux de la Junta de Andalucía (gouvernement régional d'Andalousie), du Ministère espagnol de l'environnement et de l'Agence internationale pour la coopération et le développément en Espagne.
La mission du Centre de Coopération pour la Méditerranée pour la période 2002 à 2004 a été énoncée dans un document de programmation soumis dans un premier temps aux présidents des comités nationaux de l'UICN pour commentaires, puis ultérieurement à tous les membres de l'UICN. Le programme pour la période allant de 2005 à 2008 a été établi au cours de la réunion des membres Méditerranéens de l'UICN qui s'est tenue à Naples (Italie) en juin 2004. Ce programme élaboré sur consultation des membres a permis d’identifier les secteurs dans lesquels l'UICN pouvait avoir un impact à plus long terme en Méditerranée afin d'apporter une réponse aux problèmes majeurs liés à la préservation et à l'utilisation durable des ressources naturelles. Pour atteindre ce but, le Centre de Coopération pour la Méditerranée devra s'employer à réaliser les objectifs suivants, qui reflètent ses principaux domaines de travail:
- Diffuser les connaissances, les informations et les expériences en matière de conservation et de gestion de la biodiversité et des ressources naturelles de la Méditerranée, de manière à ce que les initiatives dans ce domaine et les tentatives de réhabilitation puissent en bénéficier.
- Renforcer et soutenir les membres et les commissions de l'UICN dans la région pour placer les dimensions sociales, économiques et environnementales au cœur de l'élaboration des politiques, de la gestion et de la conservation de la diversité biologique et des ressources naturelles.
- Promouvoir, à l'échelle internationale et régionale, des politiques méditerranéennes en matière de conservation et de développement durable accompagnées de mécanismes d'application.
